Ao Conselho Científico compete decidir sobre a política científica do CHSC; pronunciar-se sobre a criação ou extinção de linhas ou grupos de investigação e sobre a composição da Comissão Externa Permanente de Aconselhamento Científico.

Membros:

• Edgar Pereira
• Fernando Catroga
• Irene Maria de Montezuma de Carvalho Mendes Vaquinhas
• José Pedro Paiva
• Margarida Sobral Neto
• Maria Helena da Cruz Coelho
• Maria José Azevedo Santos